Ustawodawca wskazuje zatem, iż badanie wniosku przez Sąd Rejestrowy odbywa się niejako w trzech etapach. Pierwszy etap, czyli wstępne badanie wniosku, polega na tym, że Sąd sprawdza podstawowe kwestie związane z procedurą sądową, takie jak zdolność sądowa, jurysdykcja, czy zawisłość sprawy. Etap drugi – formalny – polega na wykluczeniu braków formalnych, jakie mogą zajść w przypadku wniesienia wniosku. Generalizując chodzi tu chociażby o niezłożenie wniosku na urzędowym formularzu, czy brak opłaty. Ostatnim z trzech etapów jest kontrola wniosku pod względem merytorycznym. Sąd poza wnioskiem bada również dołączone do niego dokumenty. W przypadku jakichkolwiek nieścisłości, jak np. upływ terminu do złożenia wniosku, czy jego niezasadność Sąd Rejestrowy wniosek oddala.
Zgodnie z przepisem art. 23 ustawy o KRS, Sąd może badać dokumenty dołączone do wniosku, zarówno pod względem formalnym, jak też materialnym. Istotny jest tu fakt, iż poprawność załączonych dokumentów wyznacza Kodeks cywilny, albowiem w znacznej mierze chodzi tu formę wspomnianych dokumentów, które mogą przybrać postać zwykłej formy pisemnej, bądź formy szczególnej, np. aktu notarialnego. Ważne jest, aby wnioskodawca załączał do wniosku oryginały dokumentów, bądź ich poświadczone rzeczowo odpisy, a w przypadku postępowania elektronicznego, dokumenty muszą być opatrzone bezpiecznym podpisem elektronicznym.
W przypadku stwierdzenia jakichkolwiek rozbieżności, bądź stwierdzenia faktu niewywiązywania się z obowiązku składania wniosku, czy innych dokumentów do Sądu Rejestrowego, wskazany Sąd ma w dyspozycji pewne środki mogące przymusić podmiot do wywiązania się z obowiązku. Sąd Rejestrowy może bowiem wezwać podmiot do złożenia wymaganego wniosku bądź dokumentu, wyznaczając odpowiedni termin, może również nałożyć grzywnę, czy dokonać wpisu z urzędu. Sąd może ponadto stwierdzić, że dany wniosek bądź dokumenty są niewłaściwie wypełnione, co w konsekwencji może spowodować zwrot wniosku.
Kwestia zakresu kognicji Sądu Rejestrowego wywołuje dość liczne spory w doktrynie. Jak wynika bowiem z art. 23 ustawy o KRS, obligatoryjnemu badaniu w zakresie prawdziwości podlegają jedynie dane zawarte we wniosku o wpis do Rejestru, tj. imię, nazwisko i PESEL w przypadku osoby fizycznej oraz nazwę lub firmę wraz z numerem REGON w przypadku innych podmiotów, niż osoby fizyczne. Z kolei pozostałe dane są przez Sąd badane jedynie w przypadku, gdy Sąd poweźmie w tym względzie uzasadnione wątpliwości.
