Faktury przesyłane droga elektroniczną mogą być przechowywane w dowolny sposób. Muszą być jednak podzielone na okresy rozliczeniowe (np. miesięczne). Przyjęty sposób przechowywania musi zapewnić autentyczność pochodzenia (autentyczność dostawcy/usługodawcy oraz nabywcy) oraz integralność treści (niezmienność danych). Faktury musza pozostać czytelne do upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Sposób ich przechowywania musi umożliwić ich łatwe odszukanie oraz zapewnić na żądanie organów podatkowych lub kontroli podatkowej, bezzwłoczny dostęp do faktur.
Możliwym jest również przechowywanie faktury w formie elektronicznej poza terytorium Rzeczpospolitej Polskiej poda warunkiem zapewnienia organom podatkowy, bądź organom kontroli skarbowej dostępu on-line do faktur za pomocą środków elektronicznych.
Przez zapewnienie dostępu on-line do faktur organom podatkowym nie należy rozumieć sytuacji, w której w siedzibie organu podatkowego będzie on miał dostęp do faktur podatników. W razie przeprowadzanej kontroli w siedzibie podmiotu, podatnik musi zapewnić organom kontrolującym dostęp do faktur przechowywanych poza terytorium kraju.