Co do sposobu przeniesienia kosztu na wykonawcę prac na przestrzeni lat pojawiło się wiele niejednolitych stanowisk organów podatkowych. Różne stanowiska wynikają m.in. ze zwolnienia podmiotowo-przedmiotowego wyrażonego w art. 15 ust 6 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. (Dz. U. Nr 54, poz.535) o podatku od towarów i usług. Zgodnie z przytoczonym artykułem z grupy podatników zostały wyłączone organy władzy publicznej oraz urzędy obsługujące te organy w zakresie realizowanych przez nie zadań nałożonych odrębnymi przepisami prawa, do realizacji których zostały one powołane, z wyjątkiem czynności będących następstwem zawartych umów cywilnoprawnych.
Wątpliwości co do sposobu przeniesienia kosztu na wykonawcę wynikają również z braku możliwości jednoznacznego zaklasyfikowania opłaty do czynności podlegających opodatkowaniu wymienionych w art. 5 ust, 1 pkt 1 ustawy o VAT, tj. odpłatnej dostawy towarów lub odpłatnego świadczenia usług. Jeżeli więc coś nie podlega opodatkowaniu potwierdzenie wysokości kosztu powinno nastąpić na podstawie innego dokumentu.
Organy podatkowe opowiadające się za refakturowaniem opłaty za zajęcie pasa ruchu drogowego na wykonawcę powołują się na brzmienie art. 28 Dyrektywy 2006/112/WE Rady z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. U. UE serii L Nr 347, str. 1 ze zm.) oraz art. 8 ust 2a ustawy o VAT, stanowiącego implementację uregulowań Dyrektywy do polskiego porządku prawnego. Zgodnie z brzmieniem tych przepisów, jeżeli podatnik działając we własnym imieniu, ale rzecz osoby trzeciej, bierze udział w świadczeniu usług, przyjmuje się, że sam otrzymał i wyświadczył te usługi. Co się z tym wiąże, jeżeli podmiot sam faktycznie nie wyświadczył żadnej usługi, jednakże odsprzedaje określone świadczenia to w aspekcie podatku od towarów i usług traktowany jest jako podmiot, który wykonał określoną usługę.
Przeniesienie kosztów związane jest bezpośrednio ze świadczeniem usługi przez wykonawcę i pozwala wykonawcy na realizację świadczenia uregulowanego umową. Inwestor otrzymuje zaś wynagrodzenie odpowiadające wysokości poniesionego kosztu. Tworzona jest w ten sposób więź o charakterze zobowiązaniowym, określona w art. 8 ust 1 ustawy o VAT. Zgodnie zaś z art. 5 odpłatne świadczenie usług stanowi przedmiot opodatkowania podatkiem od towarów i usług.
Odwołując się dodatkowo do zasady powszechności opodatkowania, polegającej na opodatkowaniu wszystkich czynności stanowiących dostawę towarów lub świadczenie usług w rozumieniu ustawy o VAT, pod warunkiem, że wykonywane są one przez podatników w rozumieniu ustawy. Odwołując się do podanego powyżej art. 15 ust 6 w celu wyłączenia z opodatkowania konieczne jest spełnienie dwóch przesłanek:
> podmiotowej – organy władzy publicznej oraz urzędy obsługujące te organy,
> przedmiotowej – realizacji zadań nałożonych odrębnymi przepisami prawa, w ramach tzw. władztwa publicznego.
W związku z prezentowanym powyżej stanowiskiem przeniesienie opłaty za zajęcie pasa ruchu drogowego powinno nastąpić w drodze faktury VAT.
Jednakże, jeżeli organ podatkowy uzna wystawienie faktury za niezasadne może zostać podniesiony zarzut z art. 108 ustawy o VAT dotyczący wystawiania przez podatnika „faktury pustej”, z tytułu której będzie zobligowana do zapłaty podatku. Jeżeli zaś podatnik wystawi notę wówczas może dojść do zaniżenia zobowiązania podatkowego i konieczności jego uregulowania wraz z odsetkami.