Kontrola podatkowa wszczynana jest z urzędu, a przeprowadzać ją może co najmniej dwóch kontrolujących. Przed wszczęciem kontroli muszą oni poinformować o niej podatnika pisemnie, doręczając mu zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej. Kontrola może być wszczęta nie wcześniej niż po upływie 7 dni i nie później niż przed upływem 30 dni od dnia doręczenia takiego zawiadomienia.
Kontrola podatkowa wszczynana jest z urzędu, a przeprowadzać ją może co najmniej dwóch kontrolujących. Przed wszczęciem kontroli muszą oni poinformować o niej podatnika pisemnie, doręczając mu zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej. Kontrola może być wszczęta nie wcześniej niż po upływie 7 dni i nie później niż przed upływem 30 dni od dnia doręczenia takiego zawiadomienia.
Jeżeli kontrola u podatnika została wszczęta z naruszeniem przepisów o konieczności zawiadomienia o zamiarze jej wszczęcia, może on wnieść sprzeciw do organu wykonującego kontrolę w terminie 3 dni roboczych od dnia wszczęcia kontroli. Wniesienie sprzeciwu powoduje wstrzymanie czynności kontrolnych, z chwilą doręczenia kontrolującym zawiadomienia o jego wniesieniu.
Co do zasady, wszczęcie kontroli podatkowej następuje poprzez okazanie legitymacji służbowej oraz doręczenie kontrolowanemu upoważnienia do jej przeprowadzenia. W upoważnieniu musi zostać określony zakres kontroli, rodzaj podatku i jej okres. Kontrolujący nie prawa kontrolować innego zakresu niż ten określony w upoważnieniu.
W wyjątkowych przypadkach pracownik urzędu może przystąpić do kontroli po okazaniu jedynie legitymacji służbowej. Może to mieć miejsce jedynie wówczas, gdy jest ona niezbędna dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia.
W czasie trwania kontroli, podatnik ma obowiązek udzielać kontrolującemu wszelkich wyjaśnień, a także dostarczać żądane dokumenty oraz zapewnić warunki do pracy.
Kontrola powinna zostać zakończona bez zbędnej zwłoki, nie później niż w terminie określonym w upoważnieniu. Przepisy ordynacji podatkowej ograniczają czas trwania kontroli, określając maksymalną ilość dni w roku kalendarzowym:
dla mikroprzedsiębiorców – 12 dni roboczych,
dla małych przedsiębiorców – 18 dni roboczych,
dla średnich przedsiębiorców – 24 dni robocze,
dla pozostałych przedsiębiorców – 48 dni roboczych
W uzasadnionych przypadkach czas trwania kontroli może zostać przedłużony. Jest to możliwe, jeżeli w toku kontroli zostało ujawnione zaniżenie zobowiązania podatkowego (lub zawyżenie straty) w wysokości przekraczającej równowartość 10% kwoty zadeklarowanego zobowiązania podatkowego (straty), a także w przypadku ujawnienia niezłożenia deklaracji.
Kontrola podatkowa zostaje zakończona poprzez sporządzenie protokołu dokumentującego jej przebieg.
Protokół musi zawierać przede wszystkim dane kontrolowanego i kontrolujących, określenie zakresu kontroli, miejsca i czasu jej przeprowadzenia, a także:
– opis ustaleń faktycznych,
– dokumentację przeprowadzonych dowodów,
– ocenę prawną,
– pouczenia: o prawie złożenia wyjaśnień, o prawie złożenia korekty deklaracji, o obowiązku zawiadomienia organu podatkowego o każdej zmianie adresu podatnika dokonanej w ciągu 6 miesięcy od dnia zakończenia kontroli podatkowej (jeżeli w toku kontroli podatkowej ujawniono nieprawidłowości).
Podatnik ma prawo wnieść zastrzeżenia do protokołu w ciągu 14 dni od jego otrzymania.
Jeżeli w toku kontroli zostały ujawnione nieprawidłowości w wywiązywaniu się przez podatnika z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego, musi on dokonać korekty deklaracji w zakresie tych nieprawidłowości. Jeżeli podatnik nie dopełni tego obowiązku, postępowanie podatkowe zostanie wszczęte przez organ podatkowy nie później niż w terminie 6 miesięcy od zakończenia kontroli.