O tym czy i jak zostanie zwrócona wartości nadpłaty decyduje sam podatnik. Często jest to uzależnione od charakteru prowadzonego przez podatnika przedsiębiorstwa bądź jego sytuacji finansowej. Nadpłata może wynikać z okresowego braku sprzedaży wówczas właściwym wydaje się być zwrot pośredni. W przypadku zaś gdy podatnik dokonuje głównie sprzedaży opodatkowanej preferencyjną stawką 0% wartość podatku należnego może nigdy nie przewyższyć wartości podatku naliczonego, a co za tym idzie właściwym będzie zwrot bezpośredni.
Terminy zwrotu nadwyżki podatku zostały uregulowane ustawowo. Podstawowym dla każdego podatnika jest termin 60 dni licząc od dnia złożenia rozliczenia. Jeżeli naczelnik urzędu skarbowego uzna zasadność zwrotu wówczas w tym terminie następuje zwrot nadpłaty na wskazany przez podatnika w zgłoszeniu identyfikacyjnym rachunek bankowy bądź rachunek w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej.
Naczelnik urzędu skarbowego może również uznać za konieczne zweryfikowanie zasadności zwrotu nadpłaconego podatku. Termin zwrotu podatku może wówczas ulec przedłużeniu do czasu zakończenia czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, postępowania podatkowego przeprowadzanego na podstawie ordynacji podatkowej bądź ustawy o kontroli skarbowej. Jeżeli w wyniku przeprowadzonej weryfikacji okaże się, że podatnikowi należy się zwrot oprócz kwoty głównej należności otrzyma on również odsetki.
Należy zaznaczyć, że nawet w przypadku weryfikowania przez organy podatkowe zasadności zwrotu podatnik może ubiegać się o zwrot różnicy podatku. Koniecznym jest, aby w takiej sytuacji wraz z wnioskiem o zwrot złożył zabezpieczenie majątkowe. Musi ono odpowiadać wartości nadpłaty o jakiej zwrot ubiega się podatnik. Jednak jeżeli podatnik złożył wniosek wraz z zabezpieczeniem na 13 dni (bądź mniej) przed upływem 60 dniowego terminu zwrot nastąpi w terminie 14 dni.
Kolejnym terminem w jakim może nastąpić zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym jest termin 180 dni. Termin ten przeznaczony jest dla podatników, którzy w danym okresie rozliczeniowym nie dokonali czynności opodatkowanych na terytorium kraju oraz podatników których importowane bądź nabywane towary i usługi dotyczą dostawy lub świadczenia usług poza terytorium kraju. W tym ostatnim przypadku musi posiadać dokumenty potwierdzające związek pomiędzy nabytymi towarami a dostawą bądź świadczeniem usług poza granicami Polski. Jeżeli jednak w danym okresie rozliczeniowym podatnik nie dokonywał czynności opodatkowanych na terytorium kraju oraz czynności poza terytorium kraju wartość podatku naliczonego może zostać przeniesiona na następny okres rozliczeniowy. Termin 180 może ulec skróceniu na pisemny wniosek podatnik do okresu 60 dni pod warunkiem złożenia wniosku wraz z zabezpieczeniem.
Podstawowy termin zwrotu (60 dni) na wniosek podatnika może ulec skróceniu do 25 dni. Jednak ustawodawca w tym przypadku wymaga od podatnika, aby kwoty podatku naliczonego wynikały z:
1. faktur dokumentujących kwoty należności – w całości zapłacone,
2. dokumentów celnych, deklaracji importowych, deklaracji dot. procedury uproszczonej – w całości uregulowane,
3. importu towarów rozliczonego zgodnie z procedurą uproszczoną, wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, importu usług bądź też dostawy towarów, w przypadku których podatnikiem jest ich nabywca – pod warunkiem wykazania w deklaracji kwoty podatku należnego z tytułu tych transakcji.
Jak wynika z powyższego w celu uzyskania zwrotu podatnik musi uregulować swoje zobowiązania wobec swojego dostawy, które zostały wykazane w deklaracji za dany okres rozliczeniowy. Zapłata musi być dokonana za pośrednictwem rachunku bankowego. Poza tym muszą zostać zapłacone również wartości wynikające z dokumentów celnych, deklaracji importowych itp. (pkt 2).
Zarówno termin 25 dni jak i 180 dni może ulec wydłużeniu, jeżeli naczelnik urzędu skarbowego uzna za konieczne zweryfikowania zasadności zwrotu. W przypadku, gdy zwrot okaże się zasadny wówczas kwota nadpłaty zostaje zwrócona wraz z odsetkami.
Podatnik ma również prawo do otrzymania zwrotu we wnioskowanym terminie nawet w przypadku przeprowadzania weryfikacji przez organy podatkowe. Musi jednak wraz z wnioskiem złożyć majątkowe zabezpieczenie.
