Największe znaczenie praktyczne klauzuli sumienia wprowadzają przepisy uznające prawo lekarzy oraz pomocniczego personelu medycznego do powstrzymania się od wykonania świadczeń zdrowotnych niezgodnych z zasadami, które przyjęli w sumieniu. Najbardziej zaś kontrowersyjnym zabiegiem jest zabieg przerwania ciąży. Obowiązujące prawo polskie – w przeciwieństwie do doktryn wielu związków wyznaniowych, w tym Kościoła katolickiego – dopuszcza bowiem w ściśle określonych sytuacjach przerwanie ciąży. Bez wątpienia, zgodnie z przepisami Ustawy z 5.12.1996 r. o zawodach lekarza i lekarza dentysty ,osoby wykonujące zawód lekarza mogą odmówić uczestnictwa w zabiegu przerwania ciąży. Zgodnie jednak z przywołaną ustawą, powołanie się przez lekarza na klauzulę sumienia jest możliwe po spełnieniu określonych warunków.
Chcąc kierować się klauzulą sumienia, lekarz, który wykonuje swój zawód na podstawie stosunku pracy bądź w ramach służby, jest zobowiązany do uprzedniego powiadomienia złożonego na piśmie swojemu przełożonemu. Ponadto jest zobligowany do uzasadnienia. Niezbędne jest także utrwalenie tego faktu w dokumentacji medycznej. Co więcej – powinien „wskazać realne możliwości uzyskania tego świadczenia u innego lekarza”. Ostatni wymóg budzi wiele kontrowersji w doktrynie – skoro bowiem uznaje się prawo lekarza do powołania się na klauzulę sumienia, nie powinno się go zmuszać do pośredniego uczestnictwa w przeprowadzeniu zabiegu.
Należy zwrócić uwagę, że prawo lekarza do postępowania zgodnie z własnym sumieniem doznaje ograniczeń z uwagi na dobro pacjenta, kiedy zwłoka w przeprowadzeniu owego zabiegu, będzie powodować niebezpieczeństwo utraty życia, ciężkiego uszkodzenia ciała lub ciężkiego rozstroju zdrowia, oraz w innych przypadkach niecierpiących zwłoki.
