Rozporządzenie ministra finansów w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, zasad wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług wydane 27 kwietnia 2004 r. (Dz.U. z 2004 r. nr 97, poz. 971) daje możliwość podpisania między nabywcą a dostawcą umowy na wystawianie przez nabywcę faktur w imieniu i na rachunek dostawcy (tzw. self-billing). O ile można uznać, że przepisy są wystarczające, gdy nabywca i wystawca mają siedziby na terytorium Polski, o tyle w przypadku, gdy podmiot będący nabywcą towarów ma swoją siedzibę w kraju należącym do Unii Europejskiej, ale innym niż Polska, polskie uregulowania nastręczają wiele pytań i problemów.
Gdy dostawca jest podmiotem mającym swoją siedzibę w Polsce, a nabywca w kraju Unii Europejskiej (w rozporządzeniu nie przewidziano możliwości zawierania umów na wystawianie faktur przez nabywcę z kraju niebędącego członkiem Unii Europejskiej), należy podpisać z dokonującym dostawy towarów umowę odpowiadającą warunkom wymienionym w § 13 ust. 2 rozporządzenia, a upoważniającą nabywcę do wystawiania faktur, faktur korygujących i duplikatów w imieniu i na rachunek dokonującego dostawy towarów. Tutaj pojawia się pierwszy z istotnych problemów, gdyż rozporządzenie precyzuje w § 13 ust. 4, że przepisy o self-billingu stosuje się do faktur stwierdzających dokonanie wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów.
W związku z tym możliwy jest przypadek, że firma polska dostarcza firmie unijnej towary, natomiast firma unijna wystawia za te dostawy faktury, gdyż zawarła z firmą polską umowę na wystawianie faktur przez nabywcę w imieniu dostawcy. Jednakże gdyby firma polska wykonała usługę, której nabywcą będzie wspomniana firma unijna, powstaje problem. Zgodnie z przepisami w takiej sytuacji żaden z podmiotów nie może wystawić faktury, ponieważ podmiot polski zobowiązał się, że nie będzie wystawiał faktur na rzecz nabywcy w okresie obowiązywania umowy, a rozporządzenie przewiduje zastosowanie tej formy wystawiania faktur jedynie w odniesieniu do wewnątrzwspólnotowych dostaw towarów, w związku z czym danej usługi nie może samofakturować niemiecka firma.
Kolejną kwestią problematyczną jest stosowanie prawa dotyczącego wystawiania faktur. Rozporządzenie precyzuje w § 13 ust. 2 pkt. 2(a), że nabywca będzie wystawiał faktury, faktury korygujące i duplikaty zgodnie z obowiązującymi przepisami. Nie określa jednak, które przepisy są uznawane za obowiązujące, ponieważ mimo że faktury są wystawione na rachunek i w imieniu dostawcy, który jest podmiotem polskim, to jednak faktury te wystawia podmiot, który działa na mocy innej niż polska ustawy o VAT. Jedynym elementem wymaganym przez rozporządzenie (§ 13 ust. 3) jest zawarcie na fakturze informacji, kto był wystawcą faktury oraz że została ona wystawiona w imieniu i na rachunek podatnika wymienionego w fakturze jako sprzedawca. Choć należy uznać, że dla polskich organów skarbowych decydujący będzie fakt, że to polski podmiot jest sprzedawcą i dlatego wymagane będzie zastosowanie polskich przepisów w zakresie wystawiania faktur, ciężko jest doszukać się podstawy, dla jakiej organy skarbowe miałyby zakwestionować fakturę wystawioną zgodnie z przepisami innego kraju Unii Europejskiej, jeśli zawiera ona informacje wymagane przez § 13 ust. 3 rozporządzenia.
W wypadku stosowania tej formy wystawiania faktur niezwykle ważne jest konkretne wskazanie w umowie daty (określenie jej co do dnia), do której powinny spłynąć wszystkie dokumenty za poprzedni miesiąc w celu zaakceptowania ich przez dostawcę. Dodatkowo w tej sprawie „wypowiada się” rozporządzenie, nakładając taki obowiązek określenia terminu dostarczenia faktur przez nabywcę dla odbiorcy w celu ich akceptacji w formie podpisu. Jest to ważne ze względu na potencjalne różnice w datach rozliczenia podatku w różnych krajach, a także, w wypadku faktur wystawianych w obrocie wewnątrzwspólnotowym, istotne jest odpowiednio wczesne określenie terminu, ażeby w przypadku ewentualnych wątpliwości i zastrzeżeń co do wystawionych faktur możliwe było wyjaśnienie wszelkich niejasności i ewentualne wystawienie faktury, która zostanie przedstawiona do ponownej akceptacji w sposób umożliwiający rozliczenie podatku przez polskie przedsiębiorstwo do 25. dnia miesiąca następującego po miesiącu, którego dotyczą dostawy.
Kwestią niezwykle ważną zarówno w obrocie wewnątrzwspólnotowym, jak i krajowym, jest to, że w przypadku chęci dokonania jakichkolwiek korekt faktury ze strony sprzedawcy musi on zwracać się do nabywcy będącego również wystawcą faktury, gdyż sam dostawca nie może wystawić ani korekty faktury (w umowie przekazał to uprawnienie na rzecz nabywcy), ani nawet noty korygującej (§ 20 ust. 1 rozporządzenia przewiduje że prawo do wystawienia noty korygującej ma nabywca, który to następnie, zgodnie z § 20 ust. 2, przesyła ją do wystawcy faktury). Jest to problem o tyle istotny, że z punktu widzenia prawa podatkowego dostawca, mimo że nie jest wystawcą faktury, odpowiada za wszelkie nieprawidłowości związane z danymi fakturami tak, jakby sam je wystawił.