Nad wykonywaniem koncesji sprawowana jest kontrola przez organ koncesyjny. Stosowanymi kryteriami kontroli są kryteria legalności oraz zgodności ze stanem faktycznym. Postępowanie kontrolne jest w pewnym zakresie postępowaniem sformalizowanym i należy do kategorii postępowań administracyjnych. Regulowane jest przede wszystkim przepisami przewidzianymi w ustawie o swobodzie działalności gospodarczej oraz uzupełniane odpowiednio przepisami zawartymi w KPA.
W ustawie również sformułowano pewne szczegółowe kryteria kontroli. Uczyniono to w sposób opisowy, tak aby możliwie szeroko zakreślić płaszczyznę oczekiwanych sfer zainteresowania koncesjonowaną działalnością gospodarczą ze strony organu kontrolującego.
Zgodnie z art. 57 USDG organ koncesyjny jest uprawniony do kontroli działalności gospodarczej w zakresie:
1) zgodności wykonywanej działalności z udzieloną koncesją;
2) przestrzegania warunków wykonywania działalności gospodarczej;
3) obronności lub bezpieczeństwa państwa, ochrony bezpieczeństwa lub dóbr osobistych obywateli.
Chcąc dokonać kontroli na podstawie pierwszego kryterium, należy poddać analizie treść decyzji koncesyjnej wydanej konkretnemu przedsiębiorcy. Treść ta przesądza o uprawnieniach koncesjonariusza i wyznacza pole jego dozwolonej aktywności. W zakreślonych w ten sposób granicach może on podejmować wszelkie działania i czynności, o ile nie są one zabronione przez prawo. Nie wolno mu jednak przekraczać ram limitowanych przez treść aktu administracyjnego, gdyż tego rodzaju działalność byłaby nielegalna, niemieszcząca się w zakresie wolności gospodarczej.
Drugie kryterium kontroli koncesjonowanej działalności gospodarczej odwołuje się do warunków wykonywania tej działalności. Pojęcie warunku ma w prawie administracyjnym wiele znaczeń. W poprzednim stanie prawnym kiedy obowiązywała ustawa prawo działalności gospodarczej ustawodawca precyzyjnie określił o jakie warunki chodzi. W nowej ustawie zrezygnowano z tego zabiegu.
Kolejne kryterium kontroli nie jest wewnętrznie jednorodne. Przede wszystkim takie pojęcia jak obronność czy bezpieczeństwo państwa są typowymi pojęciami nieoznaczonymi. Powoduje to swoiste trudności przy stosowaniu przez administrację tak zbudowanych przepisów. Przed organem koncesyjnym, kontrolującym działalność gospodarczą stoi zadanie rozpoznania i zidentyfikowania zagrożeń dla takich wartości, jak obronność i bezpieczeństwo państwa.
Istotne jest czy przedsiębiorca któremu została udzielona koncesja w ogóle podjął działalność gospodarcza i czy jest zgodna z przedmiotem jak i zakresem przydzielonych uprawnień koncesyjnych na warunkach określonych przez organ koncesyjny.
Kompetencje organu koncesyjnego wiążą się nie tylko z udzieleniem , odmowa udzielenia czy też ograniczeniem zakresu koncesji przedsiębiorcy ale także obejmuje uprawnienia do kontroli tej działalności w zakresie przewidzianym w przepisach prawa a także wiąze się z obowiązkiem organu koncesyjnego do ciągłej analizy i ocen skutków wynikających z przyznania koncesji przedsiębiorący,
Odrębnym zakresem kontroli jest zbadanie czy w wyniku wykonania koncesji nie powstaje zagrożenie dla obronności lub bezpieczeństwa państwa , oraz dóbr osobistych obywateli.
