Do najczęściej wymienianych ryzyk związanych z partnerstwem publiczno-prywatnym należą:
1) Utrata kontroli nad procesem świadczenia usług. W ramach kontraktu partnerstwa publiczno-prywatnego należy szczegółowo określić kto i w jaki sposób monitoruje cenę i jakość usług świadczonych w jego ramach. Ponieważ chodzi tu o realizację zadań publicznych to na organach władzy ciąży obowiązek zabezpieczenia interesu publicznego
2) Zagrożenia dla prawidłowego funkcjonowania administracji publicznej. W przypadku nieprawidłowości w realizacji partnerstwa publiczno-prywatnego może dojść do urzeczywistnienia ryzyka utraty zdolności do sprawnego wykonywania przez organy władzy swojej polityki.
3) Nadmierny wzrost opłat ponoszonych przez usługobiorców. W przypadku braku właściwej kontroli ze strony partnera publicznego nad wykonywaniem zadania publicznego istnieje niebezpieczeństwo zawyżania opłat w celu osiągnięcia zawyżonego zysku.
4) Niższa jakość usług świadczonych w ramach PPP. Jakkolwiek doświadczenia licznych państw pokazują, że ich jakoś wzrasta, co do zasady, w stosunku do ich realizacji samodzielnie przez organy administracji, tak jednak w przypadku pojawiających się nieprawidłowości może dojść do sytuacji odwrotnej. Najważniejszą rolę w zabezpieczeniu przed tym ryzykiem stanowi zawarcie w umowie odpowiednich zapisów. Należy określić kryteria prawidłowości realizacji zadania publicznego, umożliwiające jego ocenę przez stronę publiczną. Strona prywatna powinna być motywowana zachętami finansowymi do zapewnienia należytego poziomu świadczonych usług, należy także przewidzieć kary umowne na wypadek zaktualizowania się omawianego ryzyka.
5) Brak konkurencji. Jest to istotne zagrożenie, którego istotą jest przekształcenie monopolu państwowego w monopol prywatny. Prawidłowo realizowane partnerstwo publiczno-prywatne służy wprowadzaniu elementów rynkowych tam, gdzie tej pory istniał monopol publiczny..
6) Niedozwolona współpraca stron. Preferencje handlowe i pomoc publiczna w ramach PPP są istotnym problemem, ponieważ władza publiczna, dążąc do realizacji danego projektu, może dawać do zrozumienia potencjalnym inwestorom, że w przypadku jego wykonania, mogą uzyskać swoistego rodzaju wyjątkowy status
7) Zawirowania polityczne. Mogą stanowić zagrożenie dla projektów realizowanych w ramach partnerstwa publiczno-prywatnego. Zmiany u władzy mogą oznaczać zmianę woli politycznej. Politycy mogą obawiać się reperkusji ze strony wyborców w sytuacji, gdy opinia publiczna jest niechętnie nastawiona do wykonywania danych zadań przez podmioty prywatne. Stąd ryzyko, że dobre projekty infrastrukturalne nie zostaną zrealizowane.
